制药工程的主要课程包括生物化学、有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学和药剂学。结合国内5000家左右的制药企业，制药工程的就业前景非常广阔。学生毕业后可在制药工程(或药物生物技术)相关生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等工作。

制药工程专业主要课程：分子生物学、微生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学、动物学、生理学、组织学、植物分类学、植物生理学等。其他的像基因工程，发酵工程，生物技术和制药，生态学各个学校不一样。至于非生物类的课程，英语是必须的。还有政治经济学，哲学，毛泽东思想概论，邓小平理论和三个代表，基础物理，高等数学，有机化学，无机和分析化学。实验很多，几乎每个专业课都有实验。物理课也有实验。

医药产业已经成为世界经济强国竞争的焦点。世界上许多国家都把医药工业的建立视为国家富强的象征。新药的不断发现和治疗方法(如基因研究)的巨大进步，促使医药行业发生了巨大的变化。

因此，无论是药物还是工艺技术，都需要新型的制药工程师，他们拥有最新的技术和跨学科的知识，拥有制药工艺和产品双向定位的知识和能力，以及密集的行业信息和对全球和国内政策法规的熟悉。

如前所述，2003年中国共有医药企业5082家，医药工业企业约3000家，生化制药企业300多家，其中现代生物制药企业47家。生产中药(包括天然药物)的企业约有1600家，其中专业生产中药(包括天然药物)的企业有155家。此外，还有16.7万多家药品批发企业，12万家药品零售企业，6万家医疗机构。这些企业对制药工程专业人才的需求很大。