大阪市立大学和东京大学医学研究所的研究人员在《细胞宿主与微生物》杂志上发表的一项开创性研究中，报告了来自101名健康日本人粪便样本的肠道细菌和病毒基因组信息。该分析利用宿主细菌-噬菌体的关联，检测到了可控制病原体的噬菌体衍生的抗菌酶。作为概念的证明，噬菌体来源的溶血素被证明可调节小鼠艰难梭菌感染。

人类肠道菌群异常(称为营养不良)与各种疾病有关。改变的微生物多样性削弱了宿主肠道菌群的有益作用，导致某些共生共生细菌获得毒力特征，繁殖并直接参与疾病的发展。这些细菌被称为“致病菌”，不同于机会病原体。

艰难梭状芽胞杆菌是革兰氏阳性，可形成孢子的厌氧菌，是病原菌，是抗生素治疗后医院腹泻的典型病因。由于抗生素的使用具有杀死有益细菌和促进营养不良的风险，因此开发专门操作肠道病原体的方法至关重要。

上松聪教授相信：“噬菌体肯定可以作为消除肠道病原体的高度特异性疗法。”噬菌体与人体肠道细菌之间的传染性关联是开发噬菌体疗法必不可少的信息。研究人员通过建立病毒分析管道，从101名健康个体的粪便样本中获得了有关细菌-噬菌体相关的元基因组信息，这至今尚未被人们理解，被称为“病毒暗物质”。基于此信息，研究人员在体外和体内筛选了艰难梭菌特异性噬菌体，并鉴定了新型抗菌酶。

藤本浩介博士和濑本诚夫教授说：“有关肠道噬菌体和细菌的更多宏基因组学信息的积累，将为开发治疗多种与营养不良有关的疾病开辟了可能性。”