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原核细胞没有成形的细胞核，同时也没有核膜和核仁，只有拟核，进化地位较低。细胞器有核糖体，有细胞壁，成分与真核细胞不同。细胞较小，没有成型的细胞核，没有染色体，DNA不与蛋白质结合。

原核细胞基因结构原核生物的基因结构多数以操纵子形式存在，即完成同类功能的多个基因聚集在一起，处于同一个启动子的调控之下，下游同时具有一个终止子。两个基因之间存在长度不等的间隔序列，如与乳糖代谢有关酶的基因。

原核生物基因转录终止之前同样有一段回文序列结构，称为终止子。它的特殊的碱基排列顺序能够阻碍RNA聚合酶的移动，并使其从DNA模板链上脱离下来。

相比真核细胞，原核细胞也有编码区与非编码区，但无内含子外显子。