1月3日，日本运输安全委员会就日本海上保安厅飞机与客机相撞事故展开调查，相关的细节也陆续披露，事发当时的空管指令成为外界关注的调查重点。日本国土交通省1月3日傍晚公布了空管员同两架飞机的通话记录。根据记录，下午5时44分56秒，空管员向日航班机发出“跑道34R，着陆没有障碍”的通知，紧接着日航班机复述了该内容。下午5时45分11秒，空管员向海上保安厅飞机下达了“请滑行至跑道停止位置C5”的指令。海上保安厅飞机回应“我们将前往跑道停止位置C5。”日本国土交通省表示，从通话记录来看，空管员没有对海上保安厅飞机下达进入跑道的许可。但海上保安厅飞机机长在事故发生后曾表示，他认为空管员下达了进入跑道的许可。随后，海上保安厅飞机进入了跑道。日本广播协会（NHK）报道称，海上保安厅飞机机长和空管员对指令的理解“完全不同”。